存在时间不同：理藩院存在于清朝，宣政院存在于元朝。
功能不同：理藩院是清朝统治新疆、回部、西藏等少数民族的最高权力机构，也管辖部分外交事务。宣政院是掌管全国佛教事宜和藏族地区的军务事务机构。
机构设置不同：理藩院设六司，分掌爵禄、朝贡、定界、官制、兵刑、户口、耕牧、赋税、驿站、贸易、宗教等政令。宣政院下设同知、副使、参议金院各二人。
历史问题理藩院和宣政院的区别
理藩院是清朝设立的主管全国少数民族事务的机构。宣政院是元朝设立的主管全国宗教事务的机构，还兼管西藏事务。
宣政院和理蕃院的异同
理藩院是清朝统治蒙古、回部及西藏等少数民族的最高权力机构
首先朝代不同
其次管理范围也有差异
第三，前者能管军务，后者貌似不能
清朝的时候还有宣政院丶中书省丶行中书省吗
清朝的时候没有。宣政院丶中书省丶行中书省这些都是元朝设立的机构。
古代汉朝中书省，清朝军机处，明朝内阁，元朝宣政院，各自作用及区别
军机处：相当于皇帝的集权机构，将本属于内阁的权利集中到皇帝手上，所以清朝时皇帝的权利非常大，像文字狱。军机处的官员可以说都是皇帝的心腹，绝对的忠诚，不会违背皇帝的意愿。军机处的设立应该说将皇权提到了一个前所未有的高度。只对这个有所了解，非常抱歉。
